小区商店的管理部门主要涉及以下几个方面：
负责监管物业收费，对于车库开店等涉及商业经营的行为，如果存在乱收费或违规收费的情况，可以向物价局进行投诉，要求其对相关行为进行调查和处理。
作为物业公司的行业管理部门，对于车库开店等违规行为，房管局有义务进行处理。业主和居民可以向房管局反映相关情况，要求其责令物业公司进行整改，维护小区秩序和业主的合法权益。
如果车库开店涉及到消费者权益问题，如虚假宣传、欺诈消费者等，可以向消费者协会投诉。消费者协会是保护消费者权益的法定机构，对于涉及消费者权益的投诉，会进行调查和调解，维护消费者的合法权益。
负责市场监督管理和行政执法，包括各类企业、农民专业合作社和从事经营活动的单位、个人以及外国（地区）企业常驻代表机构的登记注册和监督管理。对于营业执照问题，归工商部门管理。
负责消防问题的监管，如果商铺存在消防问题，可以向消防局投诉。
负责城市规划区内物业管理区域规划建设、市容环境卫生等工作的监督管理。对于小区内的违规摆摊等行为，归城管部门管理。
管理九小场所等杂七杂八的小事，可以协助处理一些社区内的问题。
作为物业行业主管部门，可以直接接受业主的投诉，并进行处理。如果物业公司不作为，业主可以找业主大会或者社区投诉反映。
综上所述，小区商店的管理涉及多个部门，具体问题需要根据实际情况进行分析和投诉。建议业主和居民在遇到问题时，先了解相关法律法规和投诉渠道，然后选择合适的部门进行投诉或寻求帮助。
